La química moderna surge a finales del siglo XVIII con Lavoisier y se consolida a principios del siglo XIX con Dalton. En este periodo de tiempo aparecen las leyes sobre las reacciones químicas y la primera teoría: la teoría atómica de Dalton. A finales del siglo XVIII la Química era ya una ciencia desde el punto de vista moderno; Lavoisier le había proporcionado un lenguaje lógico y una metodología de trabajo, consistente en observar, medir y explicas los hechos observados. Los trabajos de Dalton acerca de la naturaleza atómica de la materia, sembrarían la discordia durante todo este siglo entre los químicos más prestigiosos.
En Francia, la controversia sobre la hipotética existencia del átomo se centró en Wurtz y Berthelot. Wurtz era defensor de la teoría atómica, mientras que Berthelot negó la existencia del átomo. El planteamiento de Berthelot fue apoyado por Dumas. En esta polémica también participó la iglesia, que considero materialistas y alejadas de Dios las enseñanzas que sobre la ciencia se daban en en las facultades. Wutz, rechazó ardientemente la intrusión de la iglesia católica y expuso que es perfectamente compatible la existencia de un cuerpo material, formado por átomos y un alma espiritual.
Wurtz: "El objetivo de la ciencia es investigar la naturaleza íntima de los fenómenos naturales y de sus causas."
Berthelot: "La ciencia no puede basarse en hipótesis o en la existencia de partículas invisibles."
Dumas: "Asumir la existencia del átomo me lleva la convicción de que la Química se apartará de la experimentación y nos llevará sin guía por un camino de tinieblas."
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